Fakultas Peternakan dan Perikanan (FAPETKAN) sebelumnya merupakan pengembangan dari salah satu jurusan dan program studi pada Fakultas Pertanian di Universitas Tadulako, yakni sebagai Jurusan Peternakan yang terdiri dari 3 Program Studi yaitu Program Studi Produksi Ternak (Surat Keputusan Presiden No. 36/Presiden/1981, tanggal 14 Agustus 1981, Program Studi Nutrisi dan Makanan Ternak (Surat Keputusan Dirjen DIKTI No. 84/DIKTI/KP/1997) dan Program Studi Budidaya Perairan (Surat Keputusan Dirjen DIKTI No. 936/D/T/2003, tanggal 7 Mei 2003).

Sejak Tahun 2012 Fakultas Peternakan dan Perikanan (FAPETKAN) resmi berdiri sejak disahkannya Permendikbud Republik Indonesia Nomor 70 Tahun 2012, dengan membawahi Jurusan Peternakan dengan dua Program Studi yaitu: Program Studi Peternakan dan Program Budidaya Perairan.

Tahun 2013 Program Studi Peternakan mendapatkan Akreditasi B dari BAN PT. Selama kurun waktu 4 tahun belakangan ini (2014-2017) jumlah mahasiswa Program Studi Peternakan mengalami peningkatan, yang mana ditunjang oleh staf pengajar dengan kualifikasi minimal Master sebanyak 39 dosen, Doktor 27 dosen dan Guru Besar 9 Profesor. Penambahan tenaga kependidikan juga dilakukan semenjak 2 tahun lalu, pemberdayaan generasi muda diharapkan mendukung perkembangan dan kemajuan Fapetkan.